Como forma de celebrar a memória do Presidente Emérito do CIEE, foi criado em 2024 o Troféu Professor Paulo Nathanael Pereira de Souza, que homenageia instituições e personalidades que, ao lado do CIEE, batalham diariamente pela educação e desenvolvimento da juventude. Em 2025, receberem esta homenagem o Instituto Reciclar – que promove a inclusão produtiva de jovens em situação de vulnerabilidade social no mundo do trabalho – e o Instituto Ayrton Senna, por seu trabalho em incentivar educação pública com pesquisas, programas e políticas para que todo brasileiro seja protagonista de sua vida.